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Esta Vía Verde cuenta con 5 Espacios Naturales Protegidos localizados en un radio inferior a 5 km: Los LICs Riberas del Río Arlanzón y afluentes, Riberas del Río Arlanza y afluentes, y Sierra de la Demanda, la ZEPA Sierras de la Demanda, y por proximidad y pertenecientes a La Rioja, la ZEPA Sierras de Demanda, Urbión, Cebollera y Cameros, y la Zona de Especial Conservación de Importancia Comunitaria del mismo nombre (Red Natura 2000).
.png) Principales Espacios Naturales Protegidos:
LIC Riberas del Río Arlanza y afluentes, y Sierra de la Demanda
Este LIC cuenta con una superficie de 1.215,79 hectáreas e incluye tres tramos del río Arlanza, y un tramo de los ríos Pedroso y Zumel, en la provincia de Burgos.
 La estructura fundamental la conforma un bosque aluvial de alisos y otros bosques galería formados por choperas autóctonas y alamedas muy bien representadas a lo largo de todo espacio, acompañados en cabecera por tramos en los que se encuentran también alisedas en los cauces principales y en el caudal permanente, muy mezcladas con olmedas, fresnedas y choperas.
En el tramo alto presenta prados y salcedas hasta que comienzan las terrazas con alto porcentaje de fresnos, choperas en hilera y salcedas de gran porte. En la segunda banda hay cascajares continuos, algunos con plantaciones de choperas, prados y zonas de pastizal.
El fondo de los valles está ocupado en los tramos medio-bajos por cultivos con alternancia de pequeños espacios para las formaciones de herbáceas, ligadas a las zonas de inundación, y vegas ocupadas por fresnedas.
Las zonas encharcadas tienen gran importancia en los tramos cercanos a las laderas, donde crecen junqueras y herbazales.
En el valle principal, en zonas del bajo Arlanza, el bosque ribereño posee cierta dimensión lateral aunque sin llegar a extenderse mucho en ningún caso, fruto de la ocupación agrícola.
Existen, además, cortados rocosos calcáreos donde se asientan comunidades vegetales casmofíticas y pioneras de zonas de gleras y pedregales.
Entre la fauna, se puede afirmar que en general, en todo los tramos del Espacio destaca la presencia de especies como la nutria, el galápago leproso, el sapillo pintojo, algunos invertebrados amenazados como el odonato Coenagrion mercuriale y, entre otros valores, diversos carpas autóctonas como la bermejuela, la boga del Duero y la lamprehuela.
ZEPA Sierra de la Demanda
Es el límite septentrional del Sistema Ibérico. Sus relieves abruptos, modelados por los ríos y arroyos, permiten que en espacios de pequeño tamaño se encuentre una gran variedad vegetal. Además, asociado a este medio, que si bien está muy modifiaco por el hombre, aún conserva una fauna de gran interés que representa una transición altitudinal que va, desde fauna de alta montaña a continental y mediterránea.
Entre los hábitats que se pueden encontrar destacan los bosques decíduos de hoja ancha, bosques de coníferas, espacios arbustivos, paraderas mejoradas, prados alpinos y subalpinos, bosques esclerófilos, prados húmedos, zonas rocosas, e incluso cuerpos de aguas continentales.
A nivel faunístico, es destacable la presencia de aguilucho pálido, halcón abejero y águila culebrera.
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Este contenido forma parte del proyecto "Vías Verdes y Red Natura 2000" desarrollado con el apoyo de la Fundación Biodiversidad del Ministerio para la Transición Ecológica.
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